SARS-CoV-2, Charge virale, Modélisation non-linéaire à effets mixtes, Modélisation conjointe, Remdesivir, Antiviraux

Au cours des deux dernières décennies, la modélisation a largement contribué à démêler les déterminants de l'interaction hôte/pathogène des infections virales, à identifier les populations les plus vulnérables et à optimiser les stratégies de traitement. Lors d'une pandémie, l'identification rapide des paramètres clés de l'évolution virale peut fournir des éléments de compréhension de l'histoire naturelle de la maladie, et répondre à des questions cruciales telles que la pertinence de certaines stratégies thérapeutiques. En particulier, l'utilité des traitements antiviraux a été critiquée considérant qu'à l'admission à l'hôpital, la réponse immunitaire dysrégulée ou tempête de cytokines était considérée comme le principal moteur de la dégradation clinique. Dans le contexte du SARS-CoV-2, le remdesivir, un médicament antiviral, a montré des résultats contradictoires entre les études concernant l'efficacité clinique chez les patients hospitalisés. Les objectifs de cette thèse étaient de décrire la dynamique virale chez les patients hospitalisés avec le SARS-CoV-2 depuis l'infection jusqu'à la clairance virale, d'explorer le lien entre la dynamique virale et la mortalité et d'évaluer l'effet antiviral du remdesivir chez les patients hospitalisés. Afin d'obtenir une description précise de la dynamique virale populationnelle et d'évaluer l'impact la charge virale sur la sévérité de la maladie, nous avons utilisé des écouvillons nasopharyngés provenant des premiers patients hospitalisés au début de la pandémie, inclus dans la cohorte multicentrique française Covid (N=655). En utilisant les connaissances acquises précédemment sur l'évolution virale naturelle, nous avons ensuite évalué l'impact du Remdesivir sur la dynamique virale, en modélisant les données centralisées et normalisées de charge virale collectées séquentiellement auprès des patients hospitalisés traités soit par le traitement standard (N=329) soit par le traitement standard + Remdesivir (N=336). Nous avons utilisé une approche de modélisation conjointe non linéaire pour identifier la dynamique virale comme un prédicteur indépendant de la progression de la maladie. Dans un second temps, nous avons estimé une faible réduction de la production virale induite par le remdesivir, et que cette réduction était plus importante chez les patients ayant une charge virale élevée à l'admission. Ces travaux montrent que les molécules antivirales, sous condition d'être suffisamment efficaces, ont une place dans l'arsenal thérapeutique des patients hospitalisés.