Cohortes de naissance, Prématurité, Enfance, Microbiote intestinal, Flore intestinal, Métagénomique, DOHaD, Facteurs précoces, Obésité

Le microbiote intestinal (MI) joue un rôle important sur la santé et le développement de l'hôte. Des évidences de la littérature montrent que des déterminants précoces en début de vie peuvent influencer le développement du MI et par conséquent, la santé de l'hôte à court et long terme. Pour cette thèse, nous avons mobilisé les données de deux cohortes de naissance nationales françaises : EPIPAGE 2 (enfants prématurés) et ELFE (population générale). A partir des échantillons de selles collectés dans le cadre du suivi de ces cohortes, le MI a été caractérisé par une approche de métagénomique ciblée de l'ADNr 16S bactérien. Le premier objectif de travail a été de caractériser le développement longitudinal du MI du nouveau-né prématuré entre la période d'hospitalisation et l'âge de 3,5 ans. D'une part, nous avons montré que les caractéristiques particulières du MI du nouveau-né prématuré pendant l'hospitalisation ne sont pas associées aux caractéristiques futures du MI à 3,5 ans. D'autre part, le développement du MI du nouveau-né prématuré est influencé par le niveau de prématurité mais converge et tends à ressembler à celui des adultes avec néanmoins, une diversité à 3,5 ans plus faible que chez leurs homologues nés à terme. Notre second objectif, a été d'évaluer la persistance des associations avec le MI à 3,5 ans de déterminants de l'établissement et de la maturation du microbiote au cours de la 1ère année de vie. Nous avons montré des effets prolongés de l'âge gestationnel, la naissance par césarienne, l'obésité ainsi que le pays de naissance maternel, le mode de garde ou encore la présence de frères/soeurs dans le foyer durant la première année de vie. Dans un troisième objectif, nous nous sommes intéressés à l'étude des liens entre le MI à 3,5 ans et (i) la corpulence ultérieure à 5 ans et (ii) l'évolution de cette corpulence entre 2 et 5 ans. Un ratio élevé de Firmicutes/Bacteroidetes était associé positivement à un indice de masse corporelle (IMC) à 5 ans. A 3,5 ans, une abondance relative élevée des genres bactériens [Eubacterium] hallii group, Fusicatenibacter et [Eubacterium] ventriosum group était associée à un IMC plus élevé à 5 ans, tandis qu'une abondance plus élevée des genres bactériens Eggerthella, Colidextribacter et Rumicoccaceae CAG-352 était associé à un plus faible IMC à 5 ans. Les genres [Eubacterium] hallii group et Fusicatenibacter étaient associés à une plus grande variation de l'IMC entre 2 et 5 ans, tandis que le genre Rumicoccaceae CAG-352 était associé à une faible variation. En termes de fonctionnalité prédite du MI, les voies métaboliques de la biosynthèse des hormones stéroïdiennes, du métabolisme de la biotine, de la dégradation des glycosaminoglycanes et du métabolisme des sucres aminés et nucléotidiques étaient associées à un plus faible IMC à 5 ans. En revanche, la voie de biosynthèse des acides gras insaturés était quant à elle associée à un IMC plus élevé à 5 ans. L'ensemble de ces résultats était indépendant du statut de prématurité. Ces travaux de thèse permettent de mieux comprendre l'évolution du MI du nouveau-né prématuré durant la petite enfance et souligne l'importance des facteurs précoces dans le développement du MI ainsi que ses liens avec le développement de la corpulence durant la petite enfance.