Les maladies inflammatoires de l'intestin (MICI), Bioinformatique, Transcriptome, Génétique, RNAseq, Crohn, Rectocolite hémorragique (RCH)

Les maladies inflammatoires de l'intestin (MICI) restent un problème majeur pour la prise en charge cliniques et peut parfois altérer considéralement la vie de jeunes patients à travers des symptomes et complications potentielles. Bien que de nouveaux traitements tels que les anti TNF ont révolutionné la prise en charge des MICI, prédire le cours de la maladie et la réponse aux traitements restent un enjeu majeur de la pratique médicale. Les études 'omiques', tels que le transcriptome, le séquencage du microbiome ou la génétique ont changé notre manière de faire de la science, et révèlent de nouvelles characterisques des maladies étudiées par le passé. Ici nous souhaitons utiliser nos cohortes internes ett externes de patients atteint de MICI, à travers le séquençage multi-omique pour répondre à ces enjeux, identifier des nouvelles cibles thérapeutiques, améliorer notre compréhension de la maladie et mieux prédire son cours. Dans la première partie, nous effectuons une méta-analyse de l'expression génique de la muqueuse des patients atteints de MICI, accessible publiquement, totalisant plus de 1000 échantillons, pour montrer qu'il existe des marqueurs spécifiques des maladies iléales et coliques. Ces marqueurs pourraient déboucher sur l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques. Dans la deuxième partie, nous utilsons la puissance de l'analyse multi-omique sur notre cohorte de patients chirurgicaux (REMIND), pour prédire la récidive postopératoire après résection iléo-caecale dans la maladie de Crohn (MC). Ces résultats pourront être associés à des données cliniques pour améliorer la prédiction du cours de la maladie et guider les décisions cliniques de manière impartiale. En utilisant la génétique, le transcriptomique et le microbiome, nous démontrons la puissance de l'analyse multi-omique pour atteindre une médecine de précision dans les MICI.