Drosophila melanogaster, Infection persistante, Virus à ARN, Vieillissement, ADN viral (vDNA), Immunité innée, Virologie, Traits d'histoire de vie, RNA-seq

Les infections virales persistantes sont fréquentes chez les insectes, mais leurs effets physiologiques à long terme et leurs mécanismes développementaux restent mal compris. Cette thèse démontre que des virus à ARN entériques persistants altèrent la biologie de l'hôte, sa valeur adaptative et son vieillissement. En utilisant quatre virus - Drosophila A virus (DAV), Drosophila C virus (DCV), Bloomfield virus et Nora virus - j'ai établi des mono-infections stables et suivi leurs effets au cours du temps. Les mouches (Drosophila melanogaster) infectées présentaient une survie réduite, des altérations de la reproduction, des variations des charges du microbiote bactérien et une activité locomotrice diminuée, de manière spécifique au virus. Chaque virus s'est accumulé différemment et a déclenché des réponses transcriptionnelles distinctes, sans signature commune, indiquant une reprogrammation spécifique au virus. Notamment, les modifications transcriptionnelles induites par DCV persistaient même après la clairance du virus, révélant des effets moléculaires durables. Un résultat clé a été que toutes les infections pathogènes ont accéléré le vieillissement biologique, proportionnellement à la virulence virale, quelle que soit la voie d'infection ou le sexe. L'élévation de l'âge biologique a persisté au-delà de la clairance virale, en cohérence avec d'autres effets à long terme. L'endosymbiote antiviral Wolbachia a atténué cet effet sur le vieillissement, soulignant le rôle des microorganismes associés à l'hôte. Pour explorer les mécanismes de persistance, j'ai examiné l'infection au cours du développement et identifié la métamorphose comme une fenêtre critique. La réplication et la charge virales ont atteint un pic durant la pupaison, coïncidant avec une augmentation de l'activité de transcriptase inverse endogène et la synthèse de copies d'ADN viral (vDNA) à partir des génomes ARN de DAV et DCV. Ces copies de vDNA semblent favoriser la tolérance à l'infection. À l'inverse, Nora virus a persisté par transmission verticale sans vDNA détectable, indiquant des stratégies alternatives. Ensemble, ces résultats montrent comment les infections virales persistantes impactent la physiologie de l'hôte et le vieillissement, tout en révélant des processus développementaux qui soutiennent la persistance. Les jeux de données associés constituent une ressource pour de futures recherches sur les interactions hôte-virus et les infections chroniques dans d'autres systèmes.