Syndrome d'insuffisance médullaire, Syndrome myélodysplasique, Leucémie aiguë myéloïde, Maladie de Fanconi, Évolution clonale, SAMD9/SAMD9L, SAMD9L, SAMD9

L'anémie de Fanconi (AF) est le plus fréquent des syndromes d'insuffisance médullaire d'origine génétique (IBMF). Des clones myéloïdes émergent fréquemment, dans le contexte d'instabilité chromosomique, d'inflammation chronique et de l'appauvrissement de la moelle osseuse propres à la maladie. Le risque est important de développer un syndrome myélodysplasique (SMD) ou une leucémie aiguë myéloïde (LAM) de mauvais pronostic à l'adolescence ou à l'âge adulte, avec acquisition de lésions chromosomiques supplémentaires dont la monosomie totale ou partielle du chromosome 7 (del7q). Les del7q sont fréquentes également dans les LAM secondaires aux autres types d'insuffisances médullaires constitutionnelles, immunologiques, ou après exposition aux génotoxiques, suggérant un mécanisme oncogénique au moins partiellement commun, inconnu à ce jour. L'hypothèse centrale de ce travail est que la perte de plusieurs gènes suppresseurs de tumeurs et localisés sur le bras long du chromosome 7 contribuerait à la progression tumorale. Leur haploinsuffisance combinée (perte de fonction) due à la del7q représenterait ainsi une étape décisive de la transformation en leucémie secondaire. Mon travail de thèse a donc pour objectif global la compréhension et la modélisation de l'émergence de clones leucémiques del7q dans l'anémie de Fanconi, grâce à l'étude des cellules des patients et au développement de modèles murins. Parmi la cohorte française actualisée de patients atteints d'AF, nous avons identifié les individus porteurs d'une délétion 7q parmi ceux avec évolution clonale de la moelle osseuse. Dans une première partie de ce travail, j'ai réanalysé le transcriptome de données de RNAseq issues de cellules CD14+ de patients AF et d'échantillons sains, à des stades de différenciation variés. Cette analyse sur une série de prélèvements avec MDS/LAM, et avec ou sans del7q, a montré une expression diminuée des gènes candidats suppresseurs de tumeur dans les cellules avec del7q, confortant notre hypothèse de travail. J'ai ensuite réalisé une large analyse de RNAseq en cellule unique (sc-RNAseq), sur une série de prélèvements de moelle osseuse de patients AF, de patients IBMF non AF sélectionnés comme contrôles, ainsi que d'échantillons sains. Chez tous les patients avec del7q, le sous-clone était identifié au sein des sous-populations médullaires de la lignée myéloïde. L'analyse entre sous-clones, avec ou sans del7q, inter et intra-échantillon, a montré une expression diminuée des gènes candidats suppresseurs de tumeur dans les cellules avec del7q, ainsi qu'une dérégulation des voies biologiques similaire à celle observée dans l'analyse RNAseq préliminaire. Afin de tester in vivo notre hypothèse, nous avons généré de nouvelles lignées d'animaux Fanc-/- et délétés pour les gènes candidats. L'analyse des progéniteurs hématopoïétiques conduite chez ces souris à un âge précoce a révélé une atténuation du phénotype AF des cellules souches hématopoïétiques par comparaison avec les souris contrôles. Enfin, une proportion importante de ces souris a présenté un SMD au cours de la période de surveillance. Ainsi, nos travaux mettent en évidence l'implication de la combinaison de gènes suppresseurs de tumeurs dans les mécanismes de leucémogenèse associés à la monosomie 7.